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Author: aarmey

analysis/notebooks/thomson/Thomson_Annot.ipynb

@@ -451,7 +451,6 @@
     }
    ],
    "source": [
-    "{\"B Cells\", \"Monocytes\", \"DCs\", \"NK Cells\", \"T Cells\"}\n",
     "\n",
     "celltypedict_layer1 = {\n",
     "    \"0\": \"Monocytes\",\n",
@@ -574,7 +573,7 @@
     "    \"Follicular T\": [\"ICOS\", \"PDCD1\", \"BCL6\", \"CXCR5\", \"CD200\", \"P2RX7\", \"CD3D\"],\n",
     "    \"Helper T\": [\"CCR4\", \"CD4\", \"IL13\", \"CD28\", \"CD3G\", \"IL2\", \"CCR6\"],\n",
     "    \"Memory T\": [\"CCR7\", \"CD2\", \"PTPRC\", \"CD28\", \"LEF1\", \"S100A8\", \"GIMAP4\"],\n",
-    "    \"Follicular T\": [\n",
+    "    \"Treg\": [\n",
     "        \"IKZF2\",\n",
     "        \"FOXP3\",\n",
     "        \"CCR4\",\n",