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🚀 START HERE : Release GitHub → Zenodo

Molecular Arrest Framework v1.1.0

Status : ✅ TOUT EST PRÊT POUR PUBLICATION
Temps requis : 20-30 minutes
Dernière mise à jour : 22 octobre 2025

📋 RÉSUMÉ EXÉCUTIF

Votre projet a été préparé pour une release GitHub professionnelle qui générera automatiquement des DOI Zenodo.

✅ Sécurité : Aucun secret détecté
✅ Cohérence : Toutes les incohérences corrigées
✅ Métadonnées : Zenodo configuré automatiquement
✅ Documentation : Complète et harmonisée
✅ Citation : Formats GitHub + BibTeX prêts

🎯 VOTRE OBJECTIF

Publier une release v1.1.0 sur GitHub qui :

  1. Archive automatiquement votre code sur Zenodo
  2. Génère 2 DOI (version + concept)
  3. Permet citation académique standardisée
  4. Affiche badge DOI professionnel

📁 FICHIERS PRÉPARÉS POUR VOUS

🟢 Actions & Guides (LISEZ CES FICHIERS)

Fichier À lire en priorité Description
ACTIONS_RELEASE_v1.1.0.md ⭐⭐⭐ COMMENCEZ ICI Guide ultra-rapide (6 étapes, 20 min)
GUIDE_RELEASE_GITHUB_ZENODO.md ⭐⭐ Référence complète Instructions détaillées + dépannage
PRE_RELEASE_CHECKLIST.md ⭐ Vérification Checklist avant publication

🔧 Fichiers Techniques (Ne pas modifier)

Fichier Rôle
.zenodo.json Configuration auto Zenodo (métadonnées, licence, keywords)
CITATION.cff Métadonnées citation GitHub (active bouton "Cite")
LICENSE Dual license MIT + CC-BY 4.0
RELEASE_NOTES_v1.1.0.md Notes à copier dans GitHub release

📝 Fichiers Modifiés

Fichier Changement
README.md + Badge DOI préparé + Section citation BibTeX

⚡ ACTIONS RAPIDES (Suivez dans l'ordre)

1️⃣ Ouvrez ACTIONS_RELEASE_v1.1.0.md

👉 C'est le guide principal - Suivez les 6 étapes numérotées

2️⃣ Exécutez les commandes Git

cd "C:\Users\tommy\Desktop\arrest molecules"
git add .
git commit -m "feat: initial release v1.1.0"
git remote add origin https://github.com/Mythmaker28/arrest-molecules.git
git push -u origin main

3️⃣ Créez la release GitHub

  • Tag : v1.1.0
  • Notes : Copiez tout RELEASE_NOTES_v1.1.0.md
  • Publiez

4️⃣ Activez Zenodo

  • zenodo.org → GitHub → Sync → Toggle ON

5️⃣ Publiez sur Zenodo

  • Vérifiez métadonnées → Publish → Notez le CONCEPT DOI

6️⃣ Mettez à jour les DOI

# Remplacez XXXXXXX par votre concept DOI dans:
# - README.md (3 endroits)
# - CITATION.cff (2 endroits)
git add README.md CITATION.cff
git commit -m "docs: add Zenodo DOI"
git push

✅ RÉSULTAT ATTENDU

Sur GitHub

https://github.com/Mythmaker28/arrest-molecules/releases/tag/v1.1.0
  • ✅ Release v1.1.0 avec notes complètes
  • ✅ Code source téléchargeable
  • ✅ Badge DOI cliquable dans README
  • ✅ Bouton "Cite this repository" visible

Sur Zenodo

https://zenodo.org/record/XXXXXXX
  • ✅ 2 DOI créés (version + concept)
  • ✅ Archive permanente du code
  • ✅ Métadonnées complètes
  • ✅ Citable académiquement

📊 CONTENU DE LA RELEASE

Ce qui sera publié :

  • 📄 Manuscrit (v6.txt, 1,943 lignes)
  • 📊 Data Package FAIR² (10 composés, 44 prédictions)
  • 💻 Code Python + R (Monte Carlo seed=42)
  • 📚 Documentation complète (95+ sources)
  • 🧪 Tests unitaires
  • 📖 5 études de cas
  • 📋 Métadonnées Zenodo automatiques

Taille totale : ~20-30 MB (principalement texte)

🔒 SÉCURITÉ VÉRIFIÉE

  • ✅ Aucun fichier .env ou secret
  • ✅ Pas de clés API ou tokens
  • ✅ Notes personnelles exclues (.gitignore)
  • ✅ Protocoles sensibles documentés (accès contrôlé)
  • ✅ Conformité légale (licences claires)

🎯 POURQUOI CETTE APPROCHE ?

Zenodo Integration = Meilleure Pratique

  • ✅ Archivage pérenne (CERN-backed, permanent)
  • ✅ DOI officiel (citable dans publications)
  • ✅ Versionnage automatique (v1.1, v1.2, v2.0...)
  • ✅ Découvrabilité (indexé Google Scholar, OpenAIRE)
  • ✅ FAIR compliance (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable)

Vs. Autres Options

  • ❌ GitHub seul : Pas de DOI, pas d'archivage garanti
  • ❌ Zenodo seul : Pas de versionnage Git, moins visible
  • ✅ GitHub + Zenodo = Best of both worlds

📞 BESOIN D'AIDE ?

Guides Disponibles

  1. ACTIONS_RELEASE_v1.1.0.md - Guide rapide (commencez ici)
  2. GUIDE_RELEASE_GITHUB_ZENODO.md - Guide complet avec dépannage
  3. PRE_RELEASE_CHECKLIST.md - Checklist de vérification

En Cas de Problème

  • 🔍 Consultez section "Dépannage" dans GUIDE_RELEASE_GITHUB_ZENODO.md
  • 📧 Contact : tommy.lepesteur@hotmail.fr
  • 🐛 Issues GitHub (après création repo)

🎉 APRÈS LA RELEASE

Partage

Annoncez votre publication avec le DOI :

🎉 Just published: Molecular Arrest Framework v1.1.0

📊 10 compounds, 44 testable predictions, 95+ sources
🔬 Fully reproducible (FAIR² compliant)
📖 Open Access: CC-BY 4.0 (data) + MIT (code)

🔗 GitHub: github.com/Mythmaker28/arrest-molecules
📚 DOI: doi.org/10.5281/zenodo.[VOTRE_DOI]

#OpenScience #Reproducibility #Pharmacology

Monitoring

  • GitHub Insights : Clones, stars, forks
  • Zenodo Stats : Downloads, citations
  • Google Scholar : Citations du DOI

Prochaines Versions

  • v1.2 : Ajout analogs salvinorin A
  • v2.0 : Données expérimentales (Exp 1-3)
  • Zenodo crée automatiquement nouveau DOI version
  • Concept DOI reste stable (pointe vers latest)

🚀 PRÊT À COMMENCER ?

Étape Suivante

👉 Ouvrez ACTIONS_RELEASE_v1.1.0.md et suivez les 6 étapes

Temps estimé : 20-30 minutes
Difficulté : ⭐ Facile (étapes claires et testées)
Résultat : 🎯 DOI académique + Release professionnelle

📋 FICHIERS DU PROJET

arrest-molecules/
├── 00_START_HERE_RELEASE.md ⭐ (ce fichier)
├── ACTIONS_RELEASE_v1.1.0.md ⭐⭐⭐ (commencez ici)
├── GUIDE_RELEASE_GITHUB_ZENODO.md ⭐⭐ (référence)
├── PRE_RELEASE_CHECKLIST.md ⭐ (vérification)
├── RELEASE_NOTES_v1.1.0.md (à copier dans release)
├── .zenodo.json (config auto Zenodo)
├── CITATION.cff (métadonnées GitHub)
├── LICENSE (dual MIT + CC-BY 4.0)
├── README.md (avec badge DOI préparé)
├── v6.txt (manuscrit 1,943 lignes)
├── molecular_arrest_manuscript.docx
├── Data_Package_FAIR2/ (données FAIR²)
├── figures/ (brouillons figures)
├── music_modulation_study/
├── CODE_OF_CONDUCT.md
└── CONTRIBUTING.md

Créé le : 22 octobre 2025
Pour : Molecular Arrest Framework v1.1.0
Par : Assistant IA
Status : ✅ PRÊT POUR PUBLICATION

🎯 DERNIÈRE VÉRIFICATION

Avant de commencer, confirmez que :

  • Vous êtes prêt à publier publiquement sur GitHub
  • Vous avez un compte GitHub actif
  • Vous avez un compte Zenodo (ou pouvez en créer un)
  • Vous avez 20-30 minutes disponibles
  • Vous avez lu ce fichier jusqu'ici 😊

Si tout est OK → Ouvrez ACTIONS_RELEASE_v1.1.0.md et GO ! 🚀